Préchauffer le four à 375 °F (190 °C). Beurrer un moule antiadhésif à 12 muffins ou tapisser de moules en papier. Dans un bol, mélanger les canneberges, le lait et le yogourt. Dans un grand bol, mélanger les farines tout usage et de blé entier, les graines de lin, la poudre à pâte, la cannelle, le bicarbonate de soude et le sel. Incorporer la cassonade, l'œuf et le beurre dans la préparation au lait en remuant; verser sur les ingrédients secs et remuer juste assez pour humecter.
Répartir dans les moules à muffins préparés. Presser délicatement quelques canneberges de plus sur le dessus des muffins, si désiré. Cuire au four de 20 à 25 minutes, ou jusqu'à ce que le dessus des muffins soit ferme au toucher. Laisser refroidir dans les moules 10 minutes. Transférer sur une grille pour refroidir complètement.